Pada akhir tahun 1990an sebagaimana konflik di Aceh semakin memanas, banyak dari masyarakat Aceh melarikan diri ke Malaysia untuk alasan keamanan. Dengan dipaksakannya pemberlakuan Darurat Perang pada 19 May 2003, pelarian masyarakat Aceh ke Malaysia meningkat sangat dramatis. Namun rasa takut akan dideportasi oleh pihak otoritas Malaysia, kemudian Masyarakat Aceh berupaya melaporkan hal tersebut ke kantor Komisi Tinggi Perserikatan Bangsa-Bangsa Urusan Pengungsi (UNHCR) di Kuala Lumpur. Seiring meningkatnya jumlah masyarakat yang mendaftar, pihak UNHCR pun berupaya keras untuk mendapatkan visa perlindungan sementara bagi pendaftar.

Namun persoalan datang ketika pihak otoritas Malaysia tidak bersedia mengakui status "pengungsi" bahkan menangkapnya, menahan dan memaksa pulang, meskipun mereka menolaknya. Dan ketika pihak autoritas Malaysia mulai melakukan penangkapan masal, isu-isu tersebut kemudian menyebar dan menjadi perhatian masyarakat internasional. Pemerintah Malaysia berada dalam posisi yang sulit: dimana pada satu sisi pemerintah Indonesia menginginkan para tahan tersebut dikirim pulang, disaat masyarakat internasional berupaya melakukan pembelaan terhadap mereka agar tetap diizinkan tinggal di Malaysia, paling tidak hingga situasi keamanan di Aceh membaik.

Hingga ditandatangani Kesepakatan Damai pasca tsunami, masyarakat Aceh tidak lagi meninggalkan provinsi untuk mendapatkan status sebagai pengungsi. Walau pun kini masih ada masyarakat Aceh di Malaysia dalam jumlah yang cukup signifikan, tetapi sebagian besar dari mereka berada disana karena alasan ekonomi.